perdon de la iglesia

el papa Francisco pidió perdón por las brutalidades de la iglesia en América,Juan Pablo 2º ya hiciera lo mismo globalmente;pero siguen usándola con nombre de congregacion para la doctrina de la fe.ellos dicen que al confesarse y para que dios perdone hay que estar arrepentido ¿estaran ellos arrepentidos cuando no la disolvieron del todo?